京东自营和官方旗舰店是京东商城的两种销售模式。京东自营是指由京东自己直接负责商品的采购、存储、销售和售后服务，而官方旗舰店则是品牌厂商在京东上开设的官方销售店铺。

首先，京东自营和官方旗舰店在商品质量上的区别主要在于品牌授权和监管。官方旗舰店是品牌厂商在京东上的官方销售渠道，其销售的商品都有相应的品牌授权书，可以保证商品的质量和真实性。而京东自营则是由京东自己负责采购，存储和销售商品，虽然也有一些品牌授权的商品，但是相比官方旗舰店来说，其商品的品质和真实性可能会有所差别。

其次，京东自营和官方旗舰店在售后服务上也有所不同。官方旗舰店的售后服务由品牌厂商直接负责，其客服人员也更加专业，能够更好地解决消费者的问题。而京东自营的售后服务则由京东自己负责，虽然也有专业的客服团队，但是相对来说可能会稍微逊色一些。

最后，京东自营和官方旗舰店在价格上的差别也比较明显。官方旗舰店的商品价格相对来说会比较高，因为其商品的质量和真实性有保障，而京东自营则会有一些折扣和促销活动，价格相对来说会比较便宜。

综上所述，京东自营和官方旗舰店在商品质量、售后服务和价格上都有所不同。消费者在购物时应该根据自己的需求和预算来选择合适的销售渠道。如果追求品质和服务，可以选择官方旗舰店；如果追求价格和实惠，可以选择京东自营。